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沙眼衣原体是介于细菌与病毒之间的微生物，可以引起沙眼、生殖泌尿道感染性包涵体性结膜炎、性病淋巴肉芽肿性结膜炎，这是由于沙眼衣原体抗原型不同引起的。

沙眼衣原体可以引起反复发作反复感染。

儿童青少年多是原发性沙眼感染，容易治愈，有的会自愈。中老年人一般是反复感染引起的沙眼，表现结膜充血肥厚，结膜乳头增生滤泡形成，结膜线状网状瘢痕以及角膜血管翳等。容易并发睑内翻、倒睫毛、睑球粘连、上睑下垂、结膜实质性干燥症、慢性泪囊炎、角膜瘢痕等，严重的影响视功能，是导致盲目的主要原因。因此预防控制沙眼反复发作才能避免盲目发生。

沙眼衣原体感染引起的生殖泌尿道感染，一般是通过性接触传染，除导致生殖道感染泌尿道感染外，可以发生包涵体性结膜炎，也容易引起反复感染，避免反复感染需要性伴侣同时治疗才行。

性病淋巴肉芽肿性结膜炎，一般是沙眼L型感染引起，也容易反复感染，导致病情缠绵难愈。

沙眼衣原体也是肺炎尤其是儿童肺炎的常见原因，也容易反复感染。

沙眼衣原体对四环素或红霉素药物敏感，其次是利福平或者磺胺类药物。一般需要规范化治疗会恢复正常。

沙眼衣原体根据病变部位不同，根据病情决定选择适宜治疗方法。口服或局部药物治疗。四环素类药物不能使用于儿童孕妇，因为容易引起牙齿骨骼、损害。