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真菌性角膜炎是真菌直接感染角膜引起的一种严重的致盲性角膜炎。明显的致病危险因素如植物性眼外伤史等、典型的临床表现如角膜牙膏或者苔垢样外观等以及实验室或者角膜共焦显微镜检查就可以明确诊断。真菌菌丝的眼内生长可以引起多种并发症发生如角膜穿孔、前房积脓、虹膜睫状体炎、瞳孔膜闭、继发性青光眼、并发白内障、真菌性眼内炎等。

真菌性角膜炎致病真菌侵犯角膜深层，角膜基质溶解坏死，在眼内压作用下后弹力层向前膨隆甚至破裂而导致角膜穿孔，房水急剧涌出，虹膜被冲到裂孔处，形成粘连性角膜白斑等。

真菌性角膜炎前房积脓是判断角膜感染程度的一个重要指标，有前房积脓时说明感染已经达到角膜深基质层，甚至是部分菌丝已经透过后弹力层进入前房。

真菌性角膜炎菌丝进入前房侵犯虹膜睫状体，可以引起房水细胞和房水闪辉、前房积脓、瞳孔缩小、瞳孔膜闭等虹膜睫状体炎发生，一旦出现虹膜睫状体炎，病情变的极难控制。

真菌性角膜炎因为真菌感染眼内组织可以引起瞳孔膜闭，使后房房水不能进入前房，导致虹膜根部前凸并且与前房角小梁网发生接触粘连导致继发性青光眼发生。长期的炎症反应，影响晶状体代谢发生障碍，可以并发白内障。

真菌性角膜炎一旦真菌不能控制而感染眼内组织如玻璃体，可以引起真菌性眼内炎发生，视力急剧下降，眼内化脓，如前房积脓、玻璃体有灰白色黏性纤维素样渗出、最后波及视网膜可以引起视力下降或者丧失。