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结膜炎根据临床表现眼睛充血发红和分泌物眼屎，裂隙灯检查等一般会做出诊断，但是明确病因诊断，一般需要进行细胞学、病原学、血清学等检查才行。

裂隙灯检查是眼前节常规检查手段，结膜乳头增生滤泡形成对诊断细菌性结膜炎，角膜血管翳对诊断衣原体感染有重要参考价值。结膜滤泡提示病毒性结膜炎。结膜下出血对诊断流行性出血性结膜炎有帮助。角膜点状侵润可能是病毒性结膜炎。黄白色眼屎多见于细菌性结膜炎或沙眼。水样眼屎多见于病毒性结膜炎。丝样眼屎多见于过敏性结膜炎。乳白色眼屎多见于春季卡他性结膜炎。

结膜炎细胞学检查有分泌物涂片、结膜刮片、滤泡挤压物涂片等，根据病情决定。细菌性结膜炎可见多核性白细胞增多，病毒性结膜炎，单核细胞、淋巴细胞为主。衣原体感染可见等量的中性粒细胞以及淋巴细胞，可见包涵体。过敏性结膜炎可见大量嗜酸性粒细胞和嗜碱性粒细胞。

病原学检查，结膜分泌物涂片和刮片可以初步细菌、真菌。病原体的培养、分离、鉴定可以区分细菌、衣原体、病毒、真菌。可以通过药敏试验选择敏感药物治疗。病原体检查方法多种，可以应用免疫荧光、聚合酶链反应等检查病原体的抗原。

患者的血清学检查，血清抗体的效价有助于诊断病毒性结膜炎。血常规检查有助于诊断细菌性结膜炎、病毒性结膜炎。