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巨细胞病毒性葡萄膜炎的发病原因是巨细胞病毒感染引起的葡萄膜的炎症。巨细胞病毒在机体免疫功能正常时，一般不会引起疾病，在免疫功能受抑制时，可以引起胃肠道、中枢神经系统、肺部疾病和视网膜炎。其中视网膜炎是最常见的疾病，也是获得性免疫缺陷综合征最常见的机会感染和致盲性眼病。

巨细胞病毒属于疱疹病毒家族，有一个含有DNA的核，以及周围162个病毒壳粒构成的衣壳环绕，外面包以外膜。

巨细胞病毒在正常人群中感染率高达50%，有报道四十岁以前有80%的成年人受到该病毒感染。巨细胞病毒原发性感染最常见的是宫内感染，约10%出现新生儿疾病，90%出现中枢神经系统疾病，15%出现视网膜炎。

巨细胞病毒感染分为先天性感染和后天获得性感染。感染方式多种，通过密切接触感染的患者，如接触含有巨细胞病毒的体液（唾液、尿液、泪液、宫颈分泌物、精液、母乳等），性接触，尤其是同性恋，通过输入含有巨细胞病毒的血液制品或者器官移植等。同疱疹病毒一样，在原发感染后，病毒往往在一定组织或者细胞内潜伏下来，如分泌腺体、白细胞、肾等，在宿主受到各种疾病刺激时，特别是出现免疫缺陷综合征或者使用免疫抑制剂导致免疫机能低下时，可以引起巨细胞病毒激活，引起多种病变发生。