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衣原体是介于细菌与病毒之间的微生物，分为沙眼衣原体和鹦鹉热衣原体。沙眼衣原体可以引起沙眼、包涵体性结膜炎、性病淋巴肉芽肿性结膜炎。

沙眼是由于沙眼衣原体感染引起的慢性传染性结膜角膜炎，是常见致盲性眼病之一，也是常见的结膜病之一。主要是由于沙眼衣原体A、B、C或者Ba抗原型所导致。临床表现眼睛异物感、烧灼感、干涩感、畏光、黏液或者黏液脓性分泌物等，裂隙灯检查可以结膜乳头增生滤泡形成，结膜瘢痕，角膜血管翳等。常常并发睑内翻、倒睫毛、睑球粘连、上睑下垂、结膜实质性干燥症、慢性泪囊炎、角膜瘢痕等，严重的影响视功能。

包涵体性结膜炎是由于D～K抗原型沙眼衣原体引起的一种通过性接触或者产道传播的急性或者亚急性滤泡性结膜炎。由于表现不同，临床上分为新生儿和成年人包涵体性结膜炎。

成年人包涵体性结膜炎表现眼睛充血发红，黏液脓性分泌物，眼睑肿胀结膜充血睑结膜穹窿部结膜滤泡形成，耳前淋巴结肿大，有的可见角膜上皮或者上皮下浸润，血管翳等。

新生儿包涵体性结膜炎开始水样或者少许黏液分泌物，随着病程进展，黏液脓性分泌物。可见结膜乳白色淋巴滤泡，严重的病例假膜形成结膜瘢痕，可以引起衣原体中耳炎、呼吸道感染、肺炎等。

性病淋巴肉芽肿性结膜炎是由于L1、L2、L3型沙眼衣原体感染引起，表现结膜显著肉芽肿伴有耳前淋巴结明显增大。