一般治疗
脱离致敏原
这是最为理想有效的治疗手段，但通常难以确定。应尽量避免或减少与可能的变应原接触，如清除房间的破布及毛毯，注意床上用品卫生，使用杀虫剂消灭房间虫螨，花粉传播季节佩戴口罩，尽量避免接触草地及鲜花，停戴或更换优质角膜接触镜与护理液等。
眼睑冷敷
可以暂时缓解症状。
生理盐水冲洗结膜囊
可以中和泪液的 pH 值，稀释泪液中的抗原。
其他
如佩戴深色眼镜，减少阳光刺激；炎热季节住在空调冷房及待在凉爽、干燥气候的地区对于春季角结膜炎及特应性角结膜炎的治疗有一定帮助。避免揉眼，防止肥大细胞降解及角膜上皮损害。
药物治疗
抗组胺药
抗组胺药通常局部使用，常用的滴眼液有富马酸依美斯汀滴眼液、盐酸左卡巴斯汀滴眼液等。
如果有眼外症状，也可口服用药，常用的有氯雷他定、苯海拉明、马来酸氯苯那敏、异丙嗪等。
需注意可能产生的副作用，如部分患者可出现镇静、嗜睡及心律失常等。
对于从事驾驶、高空作业等特殊工种的患者应特别予以注意。
口服抗组胺药尽量考虑夜间睡前使用。
肥大细胞稳定剂
常用的滴眼剂有色甘酸钠、洛度沙胺、吡嘧司特钾及奈多罗米等；
肥大细胞稳定剂的总体治疗效果不及抗组胺药，且发挥作用相对缓慢，对于症状明显的患者效果不明显；
在接触变应原之前使用，可长效的预防及减轻发作时症状；
肥大细胞稳定剂通常没有明显的毒副作用，如病情需要可以较长时间使用。
抗组胺药及肥大细胞稳定剂双效药物
对于痒感和结膜充血严重的患者，能在抗组胺的同时稳定肥大细胞是更好的选择。
常用的双效作用药物包括奥洛他定、酮替芬等。
非甾体类抗炎药
非甾体类抗炎药在过敏性疾病发作的急性阶段及间歇阶段均可使用。
对缓解眼痒、结膜充血、流泪等眼部症状及体征均显示出一定的治疗效果。
在变态反应性结膜炎中，多为局部用药，常用的滴眼剂有普拉洛芬、米索前列醇、双氯芬酸等。
少数重症患者可考虑口服给药，但应注意其毒副作用（胃溃疡及出血时间延长等）。
血管收缩剂
局部使用血管收缩剂（如肾上腺素、萘甲唑啉、羟甲唑啉、四氢唑啉等）可以抑制肥大细胞及嗜酸性粒细胞脱颗粒，从而缓解眼部不适，减轻结膜充血，但不宜长期使用。
糖皮质激素
糖皮质激素通常在严重的过敏性结膜炎、其他药物治疗无效时才使用。
需注意用药时间不宜太长，以免引起白内障、青光眼、单纯疱疹病毒性角膜炎、真菌感染及角膜上皮愈合延迟等并发症。
常用的滴眼剂有地塞米松、倍他米松等。
免疫抑制剂
主要有环孢素 A 及他克莫司，临床应用较少，对严重的需要使用糖皮质激素的变态反应性结膜炎病例，环孢素 A 滴眼液具有协同治疗作用，但在停药后 2-4 个月后炎症往往复发。
人工泪液
可稀释结膜囊内的过敏原，润滑眼表，缓解患者症状。