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再生障碍性贫血、阵发性睡眠性血红蛋白尿、骨髓增生异常综合征、恶性组织细胞病、低增生下性急性白血病、自身抗体介导的全血细胞减少、急性造血功能停滞。主要通过骨髓象及其他相关检查加以鉴别
1.再生障碍性贫血：是引起全血细胞减少最常见的疾病，表现为全血细胞减少、网织红细胞绝对值减少及白细胞分类淋巴细胞相对增高。其骨髓象特点为骨髓多部位增生减低或重度减低，造血细胞减少，非造血细胞比例增高，骨髓小粒空虚(有条件应做骨髓活检可见造血组织均匀减少)
2.阵发性睡眠性血红蛋白尿（PNH）：患者可出现贫血、黄疸、脾大、睡眠后反复血红蛋白尿、全血细胞减少、骨髓红系增生。尿含铁血黄素（+），糖水试验及酸溶血试验（+）骨髓和外周血出现CD55－CD59－细胞可资鉴别。
3.骨髓增生异常综合征（MDS）：是恶性克隆性疾病，出现一系至三系减少，骨髓活跃/减低，粒、红、巨核系出现病态造血，原始细胞比例可增高。
4.恶性组织细胞病：患者高热，进行衰竭，出血，黄胆，肝大，脾大等，外周血可出现全血细胞减少，骨髓内有异常组织细胞。
5.低增生下性急性白血病：患者可出现全血细胞减少，但骨髓中原始、幼稚细胞增多。
6.自身抗体介导的全血细胞减少：Evans综合征和免疫相关性全血细胞减少，可测得成熟或未成熟血细胞自身抗体，均表现全血细胞减少,骨髓增生活跃，对糖皮质激素、大剂量静脉丙球的治疗反应好。
7.急性造血功能停滞：在溶贫、感染等发生，全血细胞尤其以RBC骤然下降，Ret降为0，骨髓三系减少，片尾部可见巨大原RBC，病程自限性。