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错颌畸形的病因分为遗传因素和环境因素两大类。主要通过影响牙列，颌面部骨骼，神经肌肉和软组织的发生生长和发育过程，从而导致错颌畸形的形成。

遗传因素主要包括种族的演化和个体的发育。种族的演化主要是人类基本行动姿势的改变和食物性状态的改变和咀嚼器官的不平衡退化。遗传性错颌畸形的矫治比较困难，应尽早的治疗选择适当的矫治器坚持治疗。

环境因素主要分为先天因素和后天因素两者相互联系不能分开。从受孕后直到胎儿出生前任何可以导致错颌畸形发生的各种发育营养疾病外伤等原因都成为先天因素。

后天因素是个体出生后，尤其是在儿童时期，身体内外的多种因素会影响牙，颌，面软硬组织的生长发育，引起错颌畸形的发生。主要包括全身性疾病如一些急性传染病等造成牙齿钙化，釉质发育不全影响颌骨的正常发育。内分泌功能的紊乱，儿童营养不良，摄入的食物不够颌骨的正常发育。

口腔及其周围的器官的功能的因素也会影响颌骨的发育，吮吸功能异常，咀嚼功能的异常咀嚼功能的充分发挥是预防错颌畸形自然而有效的方法，儿童的食物如果过于细软，咀嚼肌未能充分使用，牙颌系统发育缺乏足够的生理刺激，会使颌面部发育不足，牙根发育不良，牙齿拥挤引起错颌畸形。异常的吞咽和呼吸功能的异常也会导致。

一些口腔的不良习惯也会造成错颌畸形的发生和形成。如吮指习惯，咬物习惯，咬唇习惯，不自主的舔牙，舔舌，偏侧咀嚼习惯，托腮及单侧枕物习惯。

其他局部的因素还有龋齿牙周病肿瘤外伤等也会导致错颌畸形的发生。