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咬合畸形是多种因素或多种机制共同作用的结果。咬合畸形的形成因素和机制是错综复杂的，其发生过程可能由单一因素及单一机制在起作用，也可能是多种因素或多种机制共同作用的结果。

牙齿咬合的病因可分为内在的遗传因素和外界的环境因素。这些因素最终都是通过作用于颌面部骨骼，牙列，神经肌肉和咀嚼系统软组织，影响他们的发生生长和发育过程，导致牙齿咬合畸形的形成。但是针对个体牙齿咬合畸形发生机制的角度来说，咬合畸形的病因，可从遗传因素和环境因素来研究。

遗传因素，在牙源性和骨源性的牙齿咬合畸形上均可表现，牙齿咬合畸形的发生有演化背景。

环境因素中的口腔不良习惯和替牙故障，是牙齿咬合畸形的常见病因。所谓的习惯就是指在一定间隔时间内，有意识或无意识的反复做一相同的动作并持续下去。儿童口腔不良习惯是形成牙齿咬合畸形的主要原因之一。主要包括吮指习惯，唇习惯，舌习惯，偏侧咀嚼习惯，咬物习惯和睡眠习惯等。

牙齿发育过程中的任何全身或局部障碍都会影响乳牙期及替牙期的正常发育造成牙的数目，位置，形态以及牙替换等方面的异常，是形成牙齿咬合畸形的常见原因。

牙列拥挤是最常见的牙齿咬合畸形的表现，大多数牙齿咬合畸形患者都存在着牙列拥挤。还包括双颌前突，前牙反合，前牙深覆盖，深覆合，牙齿开合，唇腭裂与口腔正畸等。