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错颌畸形的发病原因错综复杂，既有单一因素，也可能是多种因素共同作用的结果，从其发病机制上分析，可分为内在的遗传因素和外界的环境因素所造成。针对个体来说，以下几种因素可能是导致错颌畸形的原因。

1、遗传因素：颌骨和牙齿的发育与其他遗传特征一样，可由亲代遗传给子代，尤其是在孪生子当中，这种现象更为突出。有资料表明，我国错颌畸形的遗传因素占错颌畸形的近30%。遗传因素导致的错颌畸形的表现主要有牙间隙过大、牙列拥挤、颜面部不对称、上颌或者下颌前突、下颌后缩、深覆合、牙齿数目或者形态异常。

2、疾病因素：怀孕时期母亲的某些疾病，可以导致胎儿牙颌发育异常；儿童时期的某些疾病，例如钙磷代谢障碍或者内分泌疾病，可以引起颌骨或者牙弓的发育畸形，从而导致前牙开合、下颌前突、下颌角偏大、牙列拥挤。

3、口腔不良习惯：不良的口腔习惯是导致错颌畸形的常见原因。例如咬下唇习惯，可以导致上前牙唇向错位、下颌后缩、深覆盖；咬上唇习惯，可以导致下颌前突、前牙反颌；偏侧咀嚼可使上下牙弓中线偏斜，颜面部不对称，后牙反颌；吮指及吐舌习惯可导致前牙开合。

4、替牙期乳牙异常：乳牙过早脱落或者乳牙滞留，都可以导致继承恒牙不易萌出或者异位萌出，从而形成错颌畸形。

5、额外牙及先天性缺失牙：额外牙或者缺失牙都可以导致错合畸形。