功能性消化不良（FD）的治疗以缓解症状、提高患者的生活质量为主。
没有心理异常的患者可以给予2~4周的抑酸或促动力治疗。如果无效，需要进行细致的检查，以确定是否存在器质性消化不良。
如果患者焦虑、抑郁等精神症状明显，应选择合适的检查缓解患者的精神症状。
一般治疗
医生会帮助患者认识和理解病情，提高患者应对功能性消化不良（FD）症状的能力。
根据不同病情特点，患者可能需要接受适当的心理治疗。
改善生活方式，养成规律的饮食习惯，并调整饮食结构，避免食用可能诱发症状的食物。
避免烟酒。
尽量避免服用非甾体类抗炎药（NSAID）。
生活要规律，保证充足的睡眠，保持良好的心态，适当参加运动和力所能及的体力活动。
药物治疗
可在医生指导下使用以下药物。
根治幽门螺杆菌
根治幽门螺杆菌可使FD患者获益，建议合并幽门螺杆菌感染的患者进行根治。
适度抑制胃酸
部分患者抑酸治疗有效，一般可选用H 2 受体拮抗剂或质子泵抑制剂。抑酸治疗在FD中的治疗价值未有定论，一般认为可试验性使用1～2周，作为后续治疗的预测。
促胃肠动力药
促胃肠动力药物疗效显著优于安慰剂，尤其适用于以餐后饱胀、早饱为主要症状的患者。药物选择包括多潘立酮、莫沙必利、依托必利或者西尼必利等。
消化酶制剂
消化酶制剂可作为治疗消化不良的辅助用药，改善与进餐相关的上腹胀、食欲差等症状。
抗抑郁药
当其他治疗疗效欠佳而伴随精神症状明显者可试用。常用的有三环类抗抑郁药如阿米替林，选择性抑制5-羟色胺再摄取的抗抑郁药如帕罗西汀等，宜从小剂量开始，注意药物的不良反应。
此类药物起效慢，患者应耐心服药，保持良好的依从性，以免因对药物产生怀疑而影响效果。
中医治疗
中医认为功能性消化不良（FD）基本病机为脾虚气滞、胃失和降。治疗原则为健脾和胃、理气通降，常用半夏泻心汤或香砂六君子汤为基础方辨证加减治疗。
其他治疗
需要进行精神心理治疗的患者，除服用药物外，也可采用行为治疗、认知治疗及心理干预等措施，不仅能缓解症状，还能提高生活质量。