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新生儿是指胎儿娩出后脐带结扎开始至出生后二十八天以内的宝宝。新生儿娩出前为胎儿，胎儿期间可以受母亲的各种各样的影响出现各种各样的不适。如可以因为胎盘钙化导致胎儿宫内慢性或者急性缺氧，引起胎儿脑部损害或者出生后新生儿脑部损害。可以因为母亲孕期生殖道衣原体感染或者其他感染如胃肠道感染或者呼吸道感染或者胎膜早破引起胎儿感染延续到新生儿。导致新生儿出现衣原体感染。

新生儿衣原体感染可以导致病变部位全身各个器官都可以受到影响。如眼睛感染可以导致结膜炎，出现流眼泪、眼睛见分泌物、眼睛红肿、哭闹等不适。治疗方法可以给予大环内酯类抗生素眼药膏如红霉素眼膏涂眼治疗，一般治疗时间比较长。衣原体感染可以导致新生儿肺部出现病变，引起支气管炎或者新生儿肺炎，出现咳嗽、流涕、鼻塞、喷嚏，呼吸困难，发烧，吃奶差，烦躁哭闹，张口呼吸等等不适。治疗方法病因治疗是给予大环内酯类抗生素如乳糖酸红霉素输液治疗。根据情况给予吸氧、物理降温、调节胃肠功能紊乱及输液纠正水电解质紊乱和酸碱失衡等等。新生儿衣原体感染还可以导致心脏病变出现心肌损害或者心肌炎引起心力衰竭和心源性休克等可能，需要化验心肌酶和做心电图和心脏彩超确定，给予营养心肌和抗心力衰竭等治疗。