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脑积水分流术后的主要后遗症主要包括：

1：感染，是脑室腹腔分流手术常见的、后果较为严重的后遗症，分流管对于人体来说是异物，一旦出现感染，微生物容易潜藏在分流管的缝隙里，抗生素药效达不到的地方，极易导致感染迁延不愈，最终迫不得已拔掉分流管，导致分流手术失败。因此分流手术无菌操作要求极其严格，尽量不用手接触分流管，而用无齿镊取拿分流管的部件。

2：分流管堵塞，这是脑室腹腔分流手术最常见的后遗症，分流管分为脑室端及腹腔端，任何一端堵塞，都会导致脑积水复发。导致分流管堵塞的常见原因包括：感染、脑脊液蛋白含量超标、腹腔大网膜包裹、蛛网膜颗粒堵塞等。其中最常见的原因是腹腔大网膜包裹腹腔端分流管，可以通过微创手术再通腹腔端或者更换腹腔端分流管。但如果出现分流管脑室端堵塞，则只能拔除分流管，重新行分流手术。另外分流手术前脑脊液中蛋白含量正常是至关重要的。

3：穿刺损伤，脑室腹腔分流手术脑室端分流管的穿刺置入一般选择右侧颞角或三角区，属于相对安全的区域，但对于个别病人有功能区变异到穿刺部位的情况是不可预知的，另外穿刺造成出血也是风险之一。

4：分流管途经部位皮肤破溃，少数人较瘦或者皮下脂肪菲薄，反复摩擦容易导致皮肤破溃，尤其是分流管调压阀的位置凸起于皮肤表面，格外容易出现皮肤破溃，进而导致皮肤感染，严重者需要拔除分流管。