肾囊肿的病因有以下几种：
1、 遗传因素，有些肾囊肿是由于先天的遗传因素导致的，多在三十多岁时候开始出现，后期表现为多囊肾直至发展为尿毒症，这些病人的亲属多有多囊肾病史，且多伴有多囊肝等等。
2、 感染引起，肾囊肿的形成另外的一个主要原因就是感染引起，多为单发或者多发，大多数不会引起明显的症状，多在肾脏彩超检查时发现。
3、 不良的饮食引起，部分不良的饮食习惯可引起肾囊肿，例如暴饮暴食，油腻饮食，豆类食物比例过多等等。
4、肾外毒素引起，这是肾囊肿发病的一个重要原因，全身的毒素产生过多集聚于肾脏，无法排出引起肾囊肿。
目前来说，绝大多数肾囊肿无需特殊的治疗，仅需要定期随访观察，了解囊肿有无压迫，有无成长过快以及肾功能情况等等。少部分肾囊肿可通过以下几种方式进行治疗。
1、手术切除：
采取手术方式直接切除囊肿壁的肾外部分并进行引流。这种方法最有效，但是创伤较大，费用较高，目前仅仅适用于保守治疗后效果不佳的患者，这需要根据自身的情况来决定是否需要行手术治疗。它的优点是治疗彻底，但损伤相对较大，而且腰部会遗留一定长度的手术疤痕。
2、穿刺疗法：
对于4cm左右及以上的肾囊肿患者，且位于肾脏部位尚可，利于穿刺，可实行穿针刺疗法，从皮肤在肾脏彩超的引导下刺入囊肿，引流出囊液，从而达到治疗肾囊肿的目的。该方式创口小，相对安全，特别适用于单个较大囊肿的治疗，但穿刺引流后病情易反复发作，对患者造成了一定的损害。肾穿刺优点是治疗方式简单，基本没有疼痛且费用低，任何部位的囊肿除肾盂旁囊肿外都可用该方法治疗，缺点就是易复发。
3、药物治疗：目前来说，并没有任何特殊的药物可以对肾囊肿有确切的疗效，特别是对于多囊肾患者而言，几乎所有的多囊肾患者都会以尿毒症为最终结局，所以暂时不推荐患者口服药物治疗肾囊肿。
4、中医疗法：
目前以扶正固本，理气活血，标本兼顾为主。中医疗法治疗效果稳定，副作用少，不宜复发，但是起效比较慢，多需要长期服用。例如“瑞芝堂蛹虫草”，其性温和而无毒、无火，能改善肝、肾、肺等脏器的细胞动力学状态和代谢，有利于体内有毒废物或其它药物残留排出体外。