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下丘脑综合征是以内分泌代谢功能紊乱为主要临床表现特征的一种内分泌代谢疾病，常常伴有自主神经功能的紊乱，临床上下丘脑综合征与很多其他疾病容易混淆，这时需要进行鉴别和区分，下丘脑综合征容易和哪些疾病相混淆大致有以下几个方面。

第一，下丘脑综合征容易和内分泌系统疾病嗜铬细胞瘤相混淆，两者可能会出现相同的症状，但是有区分的，嗜铬细胞瘤在检查时会发现血中或者尿中儿茶酚胺以及其代谢产物增高，对于相应的激发实验或抑制实验为阳性，而下丘脑综合症一般无这些表现，可以与其进行相关的鉴别。

第二，下丘脑综合征非常容易与其有相同症状的疾病相混淆，这类疾病在临床上比较多，比如神经官能综合症、更年期综合症、低血糖状态、癫痫等，同时下丘脑综合征也要与垂体原发疾病进行鉴别，两者在临床上也是容易混淆不清，但是垂体原发疾病，一般无下丘脑综合征自主神经功能紊乱的症状，比如患者一般无食欲减退、体温异常、尿崩症等情况。

第三，对于下丘脑综合征引起的摄食障碍需要与其他疾病引起的摄食障碍相鉴别，比如慢性消耗疾病、糖尿病、肺结核、恶性肿瘤（肝癌，胃癌，肺癌，乳腺癌）或者某些血液系统疾病，而对于下丘脑综合征导致的肥胖需要与单纯性肥胖、皮质醇增多症相鉴别，而下丘脑综合征导致的失眠、发热、嗜睡、精神障碍也要与相应的疾病相鉴别，比如感染、精神刺激、器质性病变、环境因素、甲状腺疾病等相鉴别。