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在临床上性腺功能减退症是非常常见的内分泌系统疾病，而对于性腺功能减退症具体的发病病因有以下两个方面的分析。

第一，高促性腺激素型性功能减退症，导致这种情况的原因有很多，比如比较常见的强直性肌营养不良以及先天性曲细精管发育不良都可能会发生此种疾病，同时对于隐睾症、无睾症以及精索静脉曲张也是导致发病的主要原因，这种疾病也常见于男性更年期综合征以及多发性内分泌自身免疫性功能减退综合征，某些药物也是导致发病的主要原因，比如洋地黄类的药，螺内酯，酒精，H2受体阻滞剂等，外伤类疾病包括手术、创伤等，也常见于某些慢性疾病，比如慢性肝功能不全、肾功能不全、糖尿病、恶性肿瘤等。 另外，基因缺陷也是主要的诱因之一。

第二，低促性腺激素型性腺功能减退症，很多原因也会导致这种情况的发生，比如临床上比较常见放射性损伤，下丘脑以及垂体功能低下造成体内多种激素的缺乏诱导发病，高泌乳素血症也是主要的原因之一，单纯性促性腺激素缺乏也是主要的诱因，其中包括单纯性LH缺乏症、单纯性FSH缺乏症等，性功能低下-共济失调综合征也是主要的诱因，还包括其他全身性疾病，比如比较常见的精神类疾病，艾滋病，肥胖症，结核病，皮质醇增多症，功能性如生理性青春期延迟等都是主要的发病原因。