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当结石引起尿路梗阻，肾里出来的尿液不能通过膀胱，就会堆积起来并且使周围组织拉伸，这种拉伸激活了疼痛神经纤维。身体将这些神经被激活的程度翻译成相应的疼痛程度，就成了人们感受到的肾绞痛。
结石从肾向下移动到输尿管和膀胱时，疼痛常常跟着移动。通常，当结石位于输尿管附近时，疼痛位于腰的上侧，而当结石移动到快到膀胱处，则睾丸附近会痛。病人排石过程中，除了疼痛还会有其他的症状，比如，恶心和呕吐也是肾绞痛发作时常见的症状。