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腭裂的病因腭裂是由于在发育的关键时期面部腭部结构融合失败所造成的。

在胚胎时期若前腭突与测鄂突未能融合就形成了腭裂；不同程度的不完全融合将导致不同程度的裂隙，其形成的重要阶段，在胚胎的6到11周。造成胚胎突起融合障碍的原因，目前尚未完全明确，已知可能与多种因素有关。

一，遗传因素

群体遗传学的研究表明，恶劣在一般群体中的发病率为0.28‰到1.6‰。而其一级亲属中的患病率为2.56%到4%，其遗传度为71.9%到79.2%。单侧腭裂者的相对危险度约为2.5%，而双侧腭裂者的危险成度约为6%。这些重要的研究结果，不仅表明遗传因素在腭裂的发生上起着重要的作用，而且意味着腭裂属于遗传度较高的多基因遗传病，而且不是单基因遗传病。

二，母体因素

妊娠早期一般为6到11周，如果母体受到外伤中毒如煤气中毒或疾病感染则有可能使患儿产生腭裂。

三，内分泌因素

实验认为，人体若在怀孕早期，因生理性精神性和损伤性等原因，使体内肾上腺皮质激素分泌增加可能发生畸形。

四，药物因素

某些化学药物特别是某些安眠药有可能导致胎儿发生腭裂畸形。

五，营养因素

妇女怀孕期间因呕吐或偏食，可影响营养的摄入，造成维生素的缺乏，实验表明缺乏叶酸和核黄素也可产生腭裂。