新生儿听力筛查分为初筛和复筛，正常分娩新生儿和入住新生儿重症监护室（NICU）的新生儿采用不同的筛查方案和流程。
正常新生儿初筛在出生满48小时到出院前完成，初筛未通过或漏筛者在产后42天左右复筛。筛查方法主要使用瞬态诱发性耳声发射（TEOAE）或畸变产物耳声发射（DPOAE）。如果复筛仍未通过，需要在3个月内转诊到儿童听力诊断中心进行听力诊断检查。
NICU新生儿初筛在病情稳定后出院前进行，筛查方法使用自动听性脑干反应（AABR），或耳声发射（OAE）和AABR联合筛查，以避免漏诊听神经病。初筛未通过者不进行复筛，而是在三个月内直接转诊到儿童听力诊断中心进行听力诊断检查。因为NICU新生儿大多具有听力损失高危因素，有发生迟发性听力损失的可能，因此即使听力筛查通过，以后也需要每半年到一年检查一次听力，至少监测到3岁。