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药物的致畸效应是相对的，而不是绝对的，即使一个有明确致畸风险的药物在孕期使用了也不是必然会导致某种畸形。反而即使被认为孕期使用是相对安全的药物考虑到有可能药物有某些潜在未知的风险也不建议孕期随意使用。出于趋利避害的原则，出于保护母胎的原则，不建议孕期随意使用药物，应当谨慎用药。而不是因为孕期使用了药物就要放弃妊娠，这种逻辑是不成立的。
孕期大部分用药被认为是安全的，或者有些因为资料有限，不能给予明确的解释。我并不建议孕妇因为不知道自己怀孕使用了药物而轻易放弃自己的孩子。之所以我说大部分药物是安全的，是因为致畸和药物的剂量有很大关系。一般常规剂量用药致畸风并不大。药物本身也是自然界中的一种物质，或天然或合成，和我们每天吃的饭喝的水一样，都是物质，只是有些药物我们平时身体可能接触不到或者接触较少而已。目前明确致畸的药物很少，因为不可能所有药物都有孕期使用的资料。而且这些资料总结也很困难，因为有些缺陷不一定是在胎儿出生前后即显现出来，比如说药物和儿童期肿瘤的关系，除非这种肿瘤是罕见的肿瘤，再追溯孕期用药的情况，从而总结疾病和孕期用药的相关性。如果是常见的肿瘤，很可能根本不会被引起重视。比较明确会导致畸形或者影响较大的药物多为化疗药物，或者激素类药物。
目前对药物对胎儿影响的研究仍停留在药物导致胎儿结构异常上。而对“胎儿智力”，“器官功能”或者以后“性取向”，社交能力方面的影响更无从谈起。所以出于对未知风险的规避原则建议孕期用药要谨慎。但是在没有出现结构异常时我们没有必要盲目的担心出现功能异常。因此在胎儿没有出现结构异常时我们不应当盲目的担心会出现功能异常而为了规避未知风险而鲁莽的终止妊娠。而且人与人对药物的代谢能力也不同。我想说的是，其实关于药物对胎儿的影响评估我们知之甚少，不应当轻易的评估与盲目的臆测。例如对胎儿智力，性取向的影响应当局限于特定的药物。目前考虑对胎儿智力有影响的药物主要是精神类药物，例如因为目前患有精神类疾病需要孕期使用精神类药物时才应当考虑这种风险，而不是使用了抗生素，紧急避孕药药后担心胎儿出现智力问题。性行为和生殖器官畸形的问题主要和孕期使用雌孕激素联系起来，而同样没有必要将所有药物和这些分先联系起来。
目前，关于药物致畸的问题，我们有两个指导理论：
首先，有句话我很喜欢，因为他说的很客观，是从外文翻译过来的，大致意思为“任何药物或者说物质都是可以导致胎儿畸形的，包括我们每天饮用的水。但是这和你摄入的剂量是相关的。你不可能喝的到达到致畸剂量的水。”药物也是这个样子，通常要在常规剂量的十几倍或几十倍以上时才会出现导致畸形的可能，而即使如此也不是绝对致畸的。常规剂量下绝大多数的药物都是安全的。例如咖啡因，民间流传着孕期不能喝咖啡，不能喝茶叶的说法，因为其中含有咖啡因。咖啡因的确有很明确的致畸性，在孕小鼠和大鼠的实验中，可观察到胎仔四肢及腭畸形发生率增加。再更大咖啡因暴露剂量下可以见到胎仔死亡，生长迟缓和骨骼变异。灵长类动物，食蟹母猴在孕期暴露于咖啡因，同样可以观察到其后代死产和流产发生率增加。但是在人类报道中，还没有发现咖啡因有导致胎儿出生缺陷的报道，因为一个人不可能一天喝上百杯咖啡，可是在动物实验中，每天让猴子喝的咖啡剂量远远高于一个正常人每天饮用的剂量。也就是说，“咖啡因致畸并不代表喝咖啡致畸。现在甚至因为茶叶中含有咖啡因就被误解为和茶也对胎儿不好，但其实茶水中含有的咖啡因更少。”药物是否致畸，和使用的剂量有很大的相关性。通常一个药物如果在常规剂量10倍以内即可产生对胚胎的毒副作用我们就认为它是一种强效致畸剂了，但往往药物对胎儿产生潜在风险都要在常规人类推荐使用剂量的10倍甚至数十倍以上。
即使有致畸风险的药物也不是用了就一定会出现问题。在人类历史上最严重的一次药物致畸事件，“反应停事件”，反应停应用于早孕期早孕反应明显的孕妇，最后出生的婴儿约三分之一发生了肢体缺陷。因为“反应停事件”人们才开始关注孕期用药的安全性。美国食品药品管理局才开始要求所有药物都要注明对胎儿致畸风险的研究。建立了一套等级评估系统，即FDA分类，将药物有无致畸性分为A、B、C、D、X五类。其中A，B类药物为为孕期使用相对安全的药物。X类为孕期禁用的药物。C，D类药物要平衡利弊，当利大于弊时使用。
其次，药物致畸和使用药物的时期也有很大关系。假如你使用药物时受精卵已经形成并且着床，这时胚胎才有机会接触到体液，才会有可能对胚胎产生影响，但在早期受精卵细胞很少，如果药物或者放射线等不良刺激因素影响到胚胎，胚胎就会死亡流产。假如胚胎存活下来就认为没有受到影响，这就是目前药物致畸学中“全或无”的理论。
如果在排卵前或者着床前用药目前认为就不会产生影响，因为受精卵没有形成或者不会和体液接触。除非该药物的半衰期很长，在体内代谢干净需要很长时间。受精卵与体液接触往往要到排卵后7~10天以后才有可能。
药物和环境因素导致胎儿发育的异常在所有出生缺陷儿中所占比例约为1%，也许因为药物和环境因素是可以避免的，所以人们才格外重视。也有资料报道药物所导致的胎儿畸形风险约增高不超过1%的风险。通常药物在动物实验中，为相当于人类使用剂量10倍以上出现死胎或畸形的药物被认为是致畸性很小，相对安全的药物。
药物致畸的先决条件是药物入血，透过胎盘，与胚胎发生接触。如果是外用药只是局部起作用，真正吸收入血再循环到胚胎，摄入量微乎其微，又怎么会产生影响。
同样，男方服药一般认为不会对胎儿产生影响。因为现有理论认为药物致畸的前提是受精卵与药物有接触的机会，而男方用药受精卵在发育过程中是没有机会和药物接触的。目前认为男方用药和生育的关系是有些药物可以抑制生精功能，导致生育能力下降或性能力下降。如果药物对精子产生影响精子会死去，能够授精的精子肯定是活精子。的确有些特殊的药物，会注明男方用药后应当避孕三个月以上。但是这些只是从规避潜在风险的角度出发。目前并没有官方的理论可以把男方用药与胎儿出生缺陷联系起来，也没有明确指出有男方使用后可以导致胎儿出生缺陷的药物。
一般在孕12周后胎儿器官基本已经发育完成。就会又处于一个相对安全的时期。但是胎儿脑发育和生殖器官发育被认为是贯穿整个孕期的。人们最担心的是宝宝大脑功能会不会受到影响，但其实没有那个药物被明确会对胎儿脑功能造成影响，因为即使有这样的药物我们也是没有办法发现的。药物致畸风险的评估仅限于器官的结构与功能。