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甲状腺癌的细胞来源分为甲状腺滤泡上皮细胞和滤泡旁C细胞。约95%甲状腺癌来源于甲状腺滤泡上皮细胞, 约5%来源于滤泡旁C细胞。来源于甲状腺滤泡上皮细胞有乳头状甲状腺癌（PTC）、滤泡状甲状腺癌（FTC）、低分化型甲状腺癌（PDTC）和未分化甲状腺癌（ATC）。其中，PTC和FTC传统定义为分化型甲状腺癌。来源于滤泡旁C细胞,的甲状腺癌称为甲状腺髓样癌（MTC）。