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益生菌在Hp根除治疗中的作用备受关注，多项基于随机对照试验的荟萃分析显示，益生菌作为Hp常规根除治疗的辅助用药，可以降低根除治疗中的不良反应，但是否能提高根除率存在一定分歧。益生菌可能通过提高消化道内其他有益菌的数量和活性、抑制Hp在胃黏膜上皮的定植和生长、降低Hp感染后的炎症及免疫反应等作用促进Hp根除。但不同益生菌菌株、不同剂量和不同使用疗程都可能对研究结果产生影响，将这些随机对照试验研究合并在一起分析可能会对结果产生误判，因此Masstricht Ⅴ共识和我国最新出台的第五次全国幽门螺杆菌感染处理共识报告均指出，益生菌提高Hp根除率，更多的可能是因为降低了根除治疗中的副作用而间接提高了依从性，而非直接对抗Hp。