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IBS的病因和发病机制尚不十分清楚，被认为是胃肠动力异常、内脏感觉异常、脑肠调控异常、炎症和精神心理等多种因素共同作用的结果。
1.胃肠道动力紊乱
肠道动力变化是IBS 症状发生的重要病理生理基础。以腹泻为主的IBS患者呈肠道动力亢进的表现，小肠传输时间显著缩短，结肠动力指数和高幅推进性收缩的均值和最大值均明显提高。便秘型IBS则正好相反，表现为肠道动力不足。
2.内脏感觉异常
研究发现IBS患者多数具有对管腔（直肠）扩张感觉过敏的临床特征，其平均痛觉阈值下降，直肠扩张后的不适程度增强或有异常的内脏-躯体放射痛，提示脊髓水平对内脏感觉信号处理的异常。
3.中枢感觉异常
研究表明，IBS患者其内脏疼痛的中枢通路与正常人有所不同，且腹泻型IBS与便秘型IBS之间的大脑反应区也有所不同。
4.脑-肠轴调节异常
IBS患者存在中枢神经系统对肠道传入信号的处理及对肠神经系统的调节异常。
5.肠道感染与炎症反应
研究显示，急性肠道感染后发生IBS的几率大大增高，因此肠道急性感染被认为是诱发IBS的危险因素之一。肠道感染引起的黏膜炎症反应，通透性增加及免疫功能激活与IBS发病的关系值得进一步研究。
6.精神心理因素
IBS患者常有焦虑、紧张、抑郁等心理异常。同时精神心理应激也可诱发或加重IBS症状，说明精神心理因素与IBS有密切的关系。
临床表现
IBS无特异性症状，但相对于器质性胃肠疾病，具有一些特点：起病缓慢，间歇性发作；病程长但全身健康状况不受影响；症状的出现或加重常与精神因素或应激状态有关；白天明显，夜间睡眠后减轻。
1.症状
（1）腹痛或腹部不适 是IBS的主要症状，伴有大便次数或形状的异常，腹痛多于排便后缓解，部分病人易在进食后出现，腹痛可发生于腹部任何部位，局限性或弥漫性，疼痛性质多样。腹痛不会进行性加重，夜间睡眠后极少有痛醒者。
（2）腹泻 ①持续性或间歇性腹泻，粪量少，呈糊状，含大量黏液；②禁食72小时后症状消失；③夜间不出现，有别于器质性疾患；④部分患者可因进食诱发；⑤患者可有腹泻与便秘交替现象。
（3）便秘 排便困难，大便干结，量少，可带较多黏液，便秘可间断或与腹泻相交替，常伴排便不尽感。
（4）腹胀 白天较重，尤其在午后，夜间睡眠后减轻。
（5）上胃肠道症状 近半数患者有胃烧灼感、恶心、呕吐等上胃肠道症状。
（6）肠外症状 背痛、头痛、心悸、尿频、尿急、性功能障碍等胃肠外表现较器质性肠病显著多见，部分病人尚有不同程度的心理精神异常表现，如焦虑、抑郁、紧张等。