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克隆恩病是炎症性肠病的一种，目前病因未能明确，一般认为它是由多种病因引起的与免疫因素有关的慢性及复发性肠道炎症，有终生复发倾向。可能的病因如下：

1.环境因素 饮食习惯、吸烟、卫生条件、生活方式等都有可能是致病的环境因素。北美、北欧高发，我国发病率较低，提示环境因素在本病发病中的重要作用。

2.遗传基因 本病具有明显的遗传倾向，患者一级亲属发病率明显高于普通人群，而患者配偶的发病率不增加。单卵双胞胎发病率明显高于双卵双胎。已经有证据证明某些基因突变参入了本病的发生，反映了不同种族、人群遗传背景的不同。

3.感染 目前认为，多种微生物参入了本病的发生与发展。如果肠道内没有细菌，就不会发生本病，另外抗生素治疗本病有效，也证明了微生物与本病的关系，但是目前为止，还没有发现明确的致病微生物。

4.免疫因素 有证据证明多种炎症介质及细胞因子参入了肠粘膜的免疫损伤，而针对这些炎症开发的生物制剂也具有明显的治疗效果，提示肠道粘膜免疫屏障在克隆恩病发生、发展、转归过程中发挥重要作用。

综上所述，克隆恩病的发病可以总结为：环境因素作用于遗传易感者，在肠道菌群的参入下，启动了肠道免疫屏障，导致肠粘膜的损伤，从而出现肠粘膜溃疡、炎性增生等病理变化，表现为典型的克隆恩病。