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粪菌移植现已应用于克罗恩病的治疗，且已有多项研究证实了粪菌移植治疗克罗恩病有效性和安全性。实施粪菌移植的途径有多种，粪菌液可以经多种方式注入肠道，包括鼻胃管、鼻空肠管等注入肠道，通过结肠镜或保留灌肠等。其最佳给药途径需结合病变的位置、疾病的特点以及患者的一般状况。

Cui等选取Harvey-Bradshaw指数评分≥7的难治性CD患者共30例，在无痛胃镜下通过输注管向患者的中消化道注入经实验室纯化的新鲜粪便悬液，整个过程在1h内完成。应用FMT1周后患者的临床改善率和临床缓解率分别为83.3%和60%，1个月后患者的临床改善率和临床缓解率达到峰值，分别为86.7%和76.7%。15个月的随访显示了FMT持续的临床疗效。患者的临床改善率和临床缓解率在应用FMT后1个月达到最高，可能的原因是宿主肠道在开始时对移植的微生物群施加定植抗性，经过一个月的重塑后，在外来微生物群和宿主微生物群之间重建新的平衡，从而达到最佳疗效，微生物群的宏基因组分析也将提供更多证据。Fang等的Meta分析提示UC的总临床缓解率为21%，CD的总临床缓解率为30%，估计儿科UC的临床缓解率为10%，儿科CD总临床缓解率为45%，表明FMT是治疗儿童和成人IBD的安全、有效的方法。

南京医科大学第二附属医院张发明教授团队于2014年发表最新临床研究成果，这是全世界样本量最大的前瞻性研究结果，目的在于评价经中消化道（十二指肠乳头致回盲瓣）粪菌移植治疗难治性克罗恩病的安全性、可行性和有效性；纳入最后疗效分析的共30例，结果显示粪菌移植后1周炎症程度下降和免疫细胞数量改善，粪菌移植前后腹痛评分明显降低；粪菌移植前后第一个月的临床症状改善率和症状缓解率分别为86.7%和76.7%，是15个月内各随访点中数值最高；FMT后患者的体重、脂质代谢、血红蛋白均改善，无相关严重不良事件发生。

目前报道的不良反应主要有发热、寒战以及消化系统症状，如腹胀、呕吐、腹部不适等，但是上述不良反应具有自限性，大部分患者在2～3日内可自行缓解。但是仍需更多的大样本的随机对照试验来进一步探讨粪便菌群的组分、应用剂量及给药方式等问题。