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任何细菌入侵尿路均可引起尿路感染,引起尿路感染的病菌以感染的途径不同,病原菌也不同。但是尿感主要为会阴部和肠道内细菌菌群,以大肠杆菌属和粪肠杆菌是重要的致病菌,约占95%,大肠杆菌是最常见的入侵者,大肠杆菌多见于初次发病的尿路感染,在没有尿路梗阻的尿路感染中,大肠杆菌属于致病菌的首位,所有年龄的女孩和一岁以下的男孩,主要的致病菌仍然是大肠杆菌。
其次是副大肠杆菌、变形杆菌,克雷柏杆菌、产气杆菌和绿脓杆菌。变形杆菌是一岁以上的男孩尿路感染的主要致病菌,这个可能与变形杆菌容易在包皮周围生长的原因,绿脓杆菌常见于尿路器械检查后引起的尿路感染。大约5%到10%的尿路感染是由革兰氏阳性细菌引起,主要是粪球菌和葡萄球菌,浮生葡萄球菌是男女两种性病的病原菌,凝固酶阳性的葡萄球菌感染多见于年轻女性。金黄色葡萄球菌多见于败血症等血源性尿路感染,引起的尿路感染。还有不常见细菌,包括布鲁式杆菌,放线菌属也可引起尿路感染。
真菌性尿感是由于念珠菌属引起的,临床上比较少见,大多数发生于长期留置尿管,且接受广谱抗生素治疗的患者,特别是有糖尿病或者长期使用糖皮质激素或免疫抑制剂的,以白色念珠菌多见。
另外,沙眼衣原体、某些病毒如麻疹、腮腺炎、巨细胞病毒和柯萨奇病毒也可以引起尿路感染,但是比较罕见。
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