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小儿衣原体感染多为沙眼衣原体引起，衣原体是一种存在于活细胞内的微生物。包括四个种族。新生儿感染主要是通过产道获得，剖宫产很少受到感染，胎膜早破可以导致上行性感染。

小儿衣原体感染可以导致的最常见疾病有结膜炎、肺炎。其他可以有中耳炎、鼻咽炎、女孩阴道炎等等。结膜炎开始可以出现浆液性分泌物，很快变成脓性分泌物，眼睑出现明显的水肿，结膜可以出现充血，略微增厚。可以有假膜形成，病变严重部位是下穹窿和下眼睑结膜。衣原体感染一般不侵犯角膜。所以衣原体感染导致结膜炎即使不治疗，充血也会逐渐减轻，分泌物逐渐减少，持续数个星期而愈合。衣原体感染导致的结膜炎或者鼻咽部位的衣原体可以下行感染肺部或者消化道其他部位，导致早期表现为上呼吸道感染的症状如鼻塞，流涕，喷嚏，咳嗽等等。发烧可以出现也可以没有发烧。病变逐渐加重，出现呼吸道症状加重，咳嗽表现为阵发性断续性咳嗽，还可以出现呼吸暂停，肺部给予听诊可以听到捻发音。如果不给予治疗，疾病可以迁延持续数个星期或者数个月。以上无论是衣原体感染导致的结膜炎还是肺炎，首选的治疗方法是给予红霉素治疗，而且治疗的时间一般是两个星期。阿奇霉素也可以应用，时间一般是三天 。结膜炎还可以局部应用百分之零点一的利福平眼药水或者百分之十的磺胺醋酰钠眼药水或者百分之零点五的红霉素眼膏，治疗时间两个星期。