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大部分肛瘘由直肠肛管周围脓肿引起，脓肿穿破皮肤形成内外相通的“隧道”，医学上称为窦道。所谓脓肿就是软组织感染，与常见的脓包或疖肿是类似的。

直肠肛管周围脓肿多始于肛门内腺体（肛隐窝）感染，由于肛门周围软组织和肌肉间隙多，感染向周围扩散，炎症继续发展会化脓，脓肿侵蚀组织形成隧道，往皮肤破溃形成肛瘘外口。当然还有少部分肛瘘是由于克罗恩病、结核等少见原因引起的。