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由于肛瘘多继发与肛周脓肿，所以在早期其实就是直肠肛管周围脓肿的症状，有肛周疼痛、坐卧不安、皮肤泛红、硬结和压痛，但一般较少发热，向皮肤破溃或切开引流后形成肛瘘。

大多数肛瘘是内外相通，炎性肉芽组织分泌的脓水，可为脓性、血性、粘性的，较大的高危肛瘘可能会粪水样或气体排出。多从皮肤上的溃破口漏出，也有一些患者是肛门内的溃口漏出脓水。收到分泌物的刺激，肛周皮肤潮湿、瘙痒，有时形成湿疹。

另外由于皮肤生长快，外口常“假愈合”，瘘管中的脓肿无法排出，又引发感染、疼痛等症状，在破溃后症状又缓解。因此感染和“漏”反复发作是肛瘘的特点。