胃肠道间质瘤的治疗包括手术治疗和靶向药物治疗：1、手术治疗，主要适用于原发性、局限性的间质瘤，可做到完整切除，对于复发转移的间质瘤如手术能完整切除可考虑进行手术；手术的方式包括开腹手术、腹腔镜手术和内镜手术；2、靶向药物治疗，分为术前治疗和术后辅助治疗，术前治疗主要适用于手术切除困难、风险较大或不能完整性切除的情况，另外对于胃食管结合部、十二指肠和低位直肠等涉及到器官功能损伤的特殊部位的间质瘤患者，也需进行术前的靶向药物治疗；术后的辅助治疗，主要是针对中危和高危的间质瘤患者，目的是降低复发转移率、推迟复发时间；一线分子靶向药物有伊马替尼，二线有舒尼替尼，三线的有瑞戈非尼等，如一、二线药物产生耐药，可选用三线药物。 胃肠间质肿瘤(GIST)是胃肠道中一种特殊的肿瘤，可发生在胃肠道以及网膜和肠系膜。
GIST可分为良性和恶性，按照将GIST病理改变分为肯定恶性和潜在恶性的病理诊断标准，将GIST分为良性间质瘤(无恶性指标)、潜在恶性间质瘤(仅具备1项潜在恶性指标)和恶性间质瘤(具备1项肯定恶性指标或2项以上潜在恶性指标)。
1.恶性指标为：①远处转移(经病理证实)；②浸润邻近脏器。
2.潜在恶性指标包括：①胃间质瘤直径大于5.5cm，肠间质瘤直径大于4cm；②胃间质瘤核分裂数超过5／50个高倍视野，肠间质瘤只要出现核分裂，就具有潜在恶性；③肿瘤坏死明显；④肿瘤细胞有明显异形性；⑤肿瘤细胞生长活跃，排列密集，细胞密度大；⑥镜下可见黏膜固有层或血管浸润；⑦上皮样间质瘤中出现腺泡状结构或细胞球结构；⑧非整倍体DNA含量增高；增殖细胞核抗原及Ki-67表达增高。