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干扰素本身对HPV是没有治疗作用的，但是干扰素可以提高机体的抵抗力，尤其是高危型的HPV，在感染后一年左右会自行清除，但清除的前提条件必须是机体的抵抗力和免疫力提高，才能自行清除，所以当临床上发现有高危型HPV感染的时候，也建议用干扰素给予相应的处理（干扰素治疗三个月），主要是增加抵抗力，这样HPV就能自行清除。
高危型HPV的感染，在临床上，如果是持续存在，有可能会造成宫颈上皮的病变，甚至是导致宫颈癌症，所以对于高危型HPV感染要给予足够的重视。到目前为止，还没有某一种药物可以直接治疗高危型HPV的感染。