孕早期（距离末次月经40天后）应该进行一次超声检查，目的是排除宫外孕，并且观察孕囊、卵黄囊及原始心管搏动。孕囊直径在2cm时可见到胎心搏动，如果观察不到，最好能在一周后复查。当孕囊直径大于3cm未见到胎心搏动，则高度怀疑胚胎停育。
孕中期至少有两次超声检查需要做。11-14周时的超声可以发现的异常有：胚胎停育、多胎妊娠、胎儿严重畸形和发育异常；还可测量NT值（颈项透明层厚度），其异常增厚提示胎儿染色体异常；此时对胎儿径线的测量还可帮助确定孕周（某些粗心的妈妈或者月经不规律弄不清末次月经，而早期又没有进行超声检查），要知道，确定孕周对于唐氏筛查的结果是有影响的！当然，现在某些公司开展利用母血检测胎儿DNA的方法似乎可以逐渐取代唐氏筛查这种比较不准确的方法。第二次是24周左右，是观察胎儿各个器官的好时机。因为此时羊水量相对较多，胎儿活动范围较大，容易观察。但是如果认为超声时能够发现并诊断胎儿所有的发育异常，对超声医师来说是不公平的，也是现代医学不可达到的。观察胎儿受到仪器清晰度、胎儿姿势、腹壁厚度、羊水量等因素的影响，某些器官此时尚未表现出异常，而到孕晚期甚至出生后、成年后才有所表现的疾病也存在。有时候，门诊能见到有孕妇咨询胎儿智力的问题，这在目前都无法检测出，甚至有的出生后脑瘫的孩子虽然认为90%在宫内就有病理基础，但也无法早期发现。
孕晚期的超声检查则观察胎儿发育情况、胎方位、羊水量、胎盘老化情况、脐带绕颈情况等。如果胎位异常、羊水过少、胎儿巨大将是剖宫产的指征。孕晚期羊水量随着孕周的延长逐渐减少。但是，孕晚期羊水的主要来源是胎儿的尿，短时间也许羊水指数会变化比较大。因此如果羊水量较少，医生常常建议短期复查。