1 核磁共振优势：
核磁共振可根据需要直接显示人体任意角度的切面像，可以直接作出横断面、矢状面、冠状面和各种斜面的体层图像；而CT只能显示与身体长轴相垂直的横断层像； 核磁共振有高于CT数倍的软组织分辨能力； 核磁共振对人体没有电离辐射，甚至孕妇接受核磁共振检查时对胎儿也无任何不良影响；核磁共振漏诊率比CT低； 核磁共振不用造影剂就可得到很好的软组织对比度，能显示血管的结构，故对血管、肿块、淋巴结和血管结构之间的相互鉴别有其独到之处，而且还避免了造影剂可能引起的过敏反应； 核磁共振不会产生CT检测中的骨性伪影，能使脊柱中的脊髓及神经根显像清晰，还有可能检查出由于缺血引起的组织损伤等等； 核磁共振几乎适用于全身各系统的不同疾病，应用范围大大超过CT检查，诊断价值明显优于CT。
2. 核磁共振也存在不足之处：成像时间较长，诊断心脏等活动性器官效果较差；显示骨组织的能力比CT要差，在观察颈椎骨刺、韧带钙化及椎管狭窄等骨组织的退变情况时，不如CT清楚，但在显示这些骨组织退变后的改变对脊髓神经根的压迫方面优于CT；由于铁金属的磁场反应，使带有心脏起搏器的患者或体内有某些金属的部位不能作核磁共振的检查，如钢板内固定术后、人工关节术后、手术使用缝合器以后、带有金属避孕环的妇女以及安装有假牙等。