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当子宫内膜腺体及间质侵入子宫肌层时，称为子宫腺肌病，又称子宫内膜异位症。

子宫内膜腺肌病发生原因复杂不清楚。发生学说机理：1.如经血逆流，体腔上皮化生，经血液或者淋巴转移。2.在位内膜决定论是子宫内膜在宫腔外的种植，生长，发生病变，在位内膜的特质起决定性作用。3.其他讨论热点是病人免疫异常，4.炎症性病变比如细胞因子，基质金属蛋白酶及其抑制剂作用，新生血管形成。5.环境因素比如二恶英影响。6.遗传因素如肿瘤抑制基因失活，7.LUFS学说，8.流行病学高危因素导致等等。

还有学者认为子宫腺肌病的子宫肌层中的内膜病灶于宫腔面的子宫内膜有些直接相连，一般的认为多次妊娠和分娩造成子宫内膜创伤和慢性子宫内膜炎症可能是导致这个疾病的主要原因。另外由于子宫内膜基底下缺乏黏膜下层，而且子宫腺肌病常常合并子宫肌瘤，子宫内膜生长等特点，所以有学者认为子宫内膜腺肌病与高雌激素刺激也有关系。

临床上给予非甾体类抗炎药对症治疗子宫内膜腺肌病或者近绝经期采用保守治疗，口服避孕药，达那唑，GnRH-a，能够缓解症状。临床上随着绝经期到来，卵巢功能衰竭，没有周期性子宫内膜出血，子宫内膜腺肌病症状会慢慢减轻缓解，痛经消失，子宫缩小，绝经后子宫内膜腺肌病症状会好转。