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腹腔间质瘤的症状和其它腹腔恶性肿瘤的症状类似。其临床症状多变，从无症状到非特异性的胃肠道不适、腹痛或触及包块等。临床表现与肿瘤大小、发生部位、与胃肠壁关系及良恶性有关。

若间质瘤长在食管，患者会出现进食梗阻，吞咽困难，并随着肿块的增大，上述症状会逐渐加重，最终可能导致无法进食，进食后出现恶心呕吐。若间质瘤长于胃部，比较常见的症状为恶心呕吐，腹胀腹痛，并随着肿块的逐渐增大，出现厌食消瘦，若肿块破裂，则可能出现呕血，黑便，甚至柏油样大便，进而出现贫血，贫血严重的患者会出现头晕，乏力，甚至呼吸困难。

若间质瘤长于肠道，其症状和肠梗阻类似，病灶较小的时候，为不完全性肠梗阻，主要症状为，间歇性腹痛腹胀，进食减少，厌食，偶有恶心呕吐，大便减少，放屁较少等症状。若肿瘤进一步增大，会出现完全性肠梗阻，其主要的症状表现为：持续性的腹胀腹痛，伴有恶心呕吐不适，肛门无排便排气，若肿瘤破裂出现，则会出现黑便及柏油样便，进而出现贫血的症状，根据贫血的严重程度，可表现为乏力，头晕，面部苍白，呼吸困难，若贫血进一步加重，可能出现昏厥。若出现胃肠道的穿孔，可能导致腹膜炎的发生，表现为腹部剧烈疼痛，如刀割样，伴有发热，及感染性休克等临床表现。