对于胸腺肿瘤，临床医生多采用依据肿瘤生物学特性的分类方法，即：良性胸腺瘤（也称非侵袭性胸腺瘤）和恶性胸腺瘤（侵袭性胸腺瘤）。良性胸腺瘤有包膜，不侵犯周边组织，彻底切除后不复发、不转移。恶性胸腺瘤的诊断：主要靠术中肉眼判断肿瘤侵犯了周围组织，如胸膜或心包，随诊中发现肿瘤复发或转移。因组织病理学检查往往不能区分肿瘤的良、恶性，故临床提倡所有瘤体较大的胸腺瘤均按恶性治疗。
在1999年，世界卫生组织对胸腺瘤做出了新的组织学分型，简述如下：A型胸腺瘤：即髓质型或梭型细胞胸腺瘤。AB型胸腺瘤：即混合型胸腺瘤。B型胸腺瘤：被分为3个亚型；B1型胸腺瘤：即富含淋巴细胞的胸腺瘤、淋巴细胞型胸腺瘤、皮质为主型胸腺瘤或类器官胸腺瘤；B2型胸腺瘤：即皮质型胸腺瘤；B3型胸腺瘤：即上皮型、非典型、类鳞状上皮胸腺瘤或分化好的胸腺癌。C型胸腺瘤：即胸腺癌，组织学上此型较其他类型的胸腺瘤更具有恶性特征。
多数胸腺瘤是生长缓慢、包膜完整的肿瘤，切除可治愈。文献报告的侵袭型（恶性）胸腺瘤所占的比例差异很大，为5%～50%，恶性胸腺瘤一般从诊断到治疗后复发的平均时间为6年，故认为胸腺瘤应长期随访。
分期：所谓的肿瘤分期，就是根据肿瘤侵犯的范围和程度，人为地将其划分为4期。胸腺瘤的临床及病理分期均基于1978年Bergh的分期，1981年Masaoka改良为标准的临床分期系统，1995进一步给予了改良：
I期：肉眼见完整包膜，无镜下包膜外侵犯；
II期：镜下侵出包膜或肉眼见侵犯纵隔脂肪组织或纵隔胸膜；
III期：肉眼见侵犯邻近结构（如：心包、大血管或肺）；或在其余正常胸腺组织内发现灶性瘤组织；
IVA期：胸膜腔播散（胸膜或心包转移）；
IVB期：淋巴或血源转移，胸腔外播散（以骨转移最为常见）。
生存期：I期即所谓的非侵袭性胸腺瘤，胸腺瘤的10年存活率为86%～100%；II期以后均为侵袭性胸腺瘤，II期胸腺瘤10年存活率为60%～84%；III期胸腺瘤10年存活率为21%～77%；IVa期胸腺瘤10年存活率为26%～47%。