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一旦患慢性乙型肝炎病毒感染，患者将面临严重的肝病风险，包括慢性肝炎、肝硬化和肝细胞癌。慢性乙型肝炎病毒感染的进程通常分为五个阶段：（I）HBeAg（HBV e抗原，在血清中以可溶性二聚体蛋白形式存在）阳性慢性感染，（II）HBeAg阳性慢性肝炎，（III）HBeAg阴性慢性感染，（I V）HBeAg阴性慢性肝炎和（V）HBsAg阴性期。

每个阶段的病毒复制水平、病毒抗原表达和肝脏炎症活动方面有所不同。

第1阶段：
HBeAg阳性的慢性HBV感染，以前被称为“免疫耐受”阶段；特征是血清中HBeAg，HBV DNA和ALT水平非常高。肝坏死或肝纤维化很少或没有，但HBV DNA整合和克隆性肝细胞扩增，表明在感染的早期阶段可能已经开始肝癌的发生。这一阶段在围产期感染的患者中更常见。在此阶段，自发性HBeAg丢失的情况很少发生。由于HBV DNA含量高，这些病人具有高度传染性。

第2阶段：
HBeAg阳性的慢性乙型肝炎的特征是血清中HBeAg阳性、HBV DNA表达水平高和ALT升高。存在中度或重度肝坏死和肝纤维化加速的情况。它可能在第一阶段的几年后发生，并且在成年期感染患者中更常见。这个阶段的病人后续会发生两种情况的变化。多数患者发生HBeAg血清转化和HBV DNA抑制，进入HBeAg阴性感染期。其他患者可能由于无法控制HBV进展到HBeAg阴性的慢性乙肝（Chronic hepatitis B ，CHB）阶段。

第3阶段：
HBeAg阴性的慢性HBV感染，以前被称为“非活动携带者”阶段，其特征是存在抗HBeAg（抗HBe）的血清抗体，HBV DNA水平不可检测或低和正常的ALT。然而，这一阶段的一些患者可能存在有HBV DNA 伴有持续正常的ALT。很少的肝坏死和低纤维化。如果患者持续处于这一阶段，进展为肝硬化或肝癌的风险很低。通常在HBeAg阴性的患者中，可能会进展成慢性乙型肝炎。每年1-3%的病例可自发发生HBsAg丢失和/或血清转换。通常，此类患者的血清HBsAg水平较低。

第4阶段：
HBeAg阴性的慢性乙型肝炎的特征是血清HBeAg缺乏，通常可检测到的抗HBe，血清HBV DNA通常处于持续或不稳定的中高水平状态（通常低于HBeAg阳性患者），以及ALT值不稳定或持续升高。肝脏组织学显示坏死和纤维化。大多数患者体内的HBV病毒的前核心和/或基础核心启动子区域存在变异，这些变异影响HBeAg的表达。

第5阶段：
HBsAg阴性阶段是指血清HBsAg阴性和HBcAg（抗-HBc）抗体阳性，有或无HBsAg（抗-HBs）抗体。这个阶段也被称为“隐匿性HBV感染”。在极少数情况下，HBsAg的缺失可能与检测方法的敏感性有关。这一阶段患者的ALT值正常，而且通常（但并非总是）无法检测到血清HBV DNA。乙肝病毒DNA（cccDNA）在肝脏中的检出率较高。肝硬化发病前HBsAg的丢失与肝硬化、失代偿期和肝癌的风险降低和生存率的提高有关。然而，如果在HBsAg丢失前肝硬化已经发展，患者仍有发生肝癌的风险，因此应继续进行HCC监测。免疫抑制可能导致这些患者的乙肝病毒重新激活。