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食管癌需与以下疾病相鉴别：
1.贲门失弛缓症
该病可能为迷走神经、食管下段肌神经丛退行性病变或对胃泌素作用过敏感等引起的食管蠕动减弱和食管下端括约肌失弛缓。临床表现为咽下困难和食管反流，通常症状呈现间歇性，病程较长，与精神因素有关，无进行性营养不良。X线造影检查见食管下端扩张更明显，贲门梗阻呈梭状或鸟嘴状，边缘光滑。内镜见食管下端扩张，贲门口痉挛狭窄，黏膜呈放射状整体分布，有时见黏膜充血、糜烂，活组织检查阴性，吸入或口服硝酸甘油类、硝苯地平等能缓解症状。
2.胃食管反流病
因食管下端括约肌功能异常，胃及十二指肠内容物反流入食管而引起的食管黏膜慢性炎症，临床表现为胸骨下端疼痛、烧灼感、食物反流和轻度咽下困难。一般病程较长，症状反复发作，营养状况影响少，内镜检查见黏膜充血、水肿、糜烂或溃疡，无肿瘤依据。
3.食管良性狭窄
由长期反复发作的反流性食管炎、食管腐蚀伤后瘢痕形成，食管外伤和食管胃手术后等引起。临床表现为不同程度的吞咽困难，通常病程长，变化少，X线吞钡造影检查可见管腔狭窄，但边缘整齐，无充盈缺损，内镜检查可帮助排除食管癌。
4.食管结核
多因食管周围纵膈、淋巴结核浸润至食管壁所致，临床表现为咽下困难和结核中毒症状。X线见病变部位有溃疡和充盈缺损，黏膜破坏和管壁僵硬不如肿瘤明显。脱落细胞和活检不能发现癌细胞。通常发病年龄小于食管癌，抗结核治疗有效，则有助于鉴别。
5.食管良性肿瘤
主要包括食管平滑肌瘤、食管息肉、食管囊肿、食管血管瘤、脂肪瘤、神经纤维瘤等。一般病情较长，临床症状较轻微，病灶的体积和临床症状不平行，无全身消耗症状。X线检查显示黏膜光整，病灶边缘整齐，界限清楚，管壁无僵硬，蠕动正常，内镜检查结合活组织检查可诊断。
6.食管外压性改变
食管周围器官某些疾病如血管先天性异常，主动脉瘤、胸内甲状腺、纵膈原发或转移性肿瘤等，均可压迫造成食管狭窄，临床出现吞咽困难等症状而误诊为食管癌。因食管壁本身结构功能均良好，故可通过X线和内镜检查与食管癌进行鉴别。超声内镜是目前用于鉴别食管外压性病变的最好方法。
7.食管中段的憩室
常有吞咽障碍、胸骨后疼痛等症状，而吞咽困难较少。食管憩室有发生癌变的机会，因此在诊断食管憩室的时候应避免漏诊。
8.其他
还应与一些全身性疾病如糖尿病、皮肌炎、硬皮病、系统性硬化和强制性肌营养不良等导致的咽下困难进行鉴别。也需和癔症引起的“咽下困难”区别。这些疾病主要影响的是食管壁的收缩、扩张和蠕动功能，食管腔无明显改变，因此一般都能够通过病史、X线和内镜检查加以区分。
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