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多囊肾最常见的原因是遗传因素造成的，还有基因突变因素。除此之外，毒素因素也是最常见的多囊肾的病因，常见的毒素有农药、化学制剂、放射线、污染、某些药物、尿毒症时的尿毒素等，这些物质可使肾脏出现损伤，从而发病。感染因素也是引起多囊肾的常见因素，如上呼吸道感染包括感冒、尿路感染、胃肠道感染、皮肤感染、外伤感染、器械感染等，这些细菌和病毒感染，能使机体内环境发生异常改变，能促进囊肿的生成。这些因素能使整个肾脏长满大大小小的囊肿并随着时间而长大，压迫肾脏，使肾脏的结构受到损害，逐渐出现蛋白尿、高血压、肾功能不全，最后发展到尿毒症期，需要透析治疗维持生命。