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虽然男性很少得衣原体感染而出现并发症，但是不加治疗的话，也会导致睾丸的发炎，疼痛导致迁延不愈，女性的话如果容易引起处理不善的话，可能会导致盆腔发炎，引之不愈，病菌可能从孕妇传染给胎儿，导致胎儿的眼睛或者肺部受到感染，男女患有衣原体感染的时候，可能导致眼睛眼关节尿道发炎的综合症。

现在的话数据很多无症状性的衣原体的感染可能没有引起人们的注意，但是在西方估计有20%~30%的衣原体感染，尿道炎是无症状的，或者是亚临床症状的70%的80%的衣原体感染，女性也是这样的，对大量的引进性的衣原体有关的原因就必须要予以治疗或者根治，以杜绝感染在生活中的传播。

女性的隐匿性的宫颈炎可能会上行到上生殖道，导致并发症。女性的衣原体的内膜或者输卵管感染，很多时候是亚临床性的。隐匿性的输卵管炎感染可能是导致输卵管不孕症的最常见的病因，在西方已经得到有关数据的证实。

一元体感染在输卵管不育症中的作用，可能会从以前的感染史中得到证实，许多研究表明输卵管疾病的不孕妇女中血清抗原阳性是最高与无输卵管损伤的妇女的。

虽然在输卵管的活标本中很少分离到衣原体，但是运力感染或者是核酸检查，可能会证实内膜组织寸中存在衣原体。所以说这些病例可能表明衣原体感染会引起炎症的几率非常大。