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全身性念珠菌病应该有细菌性的感染，病毒性的感染，过敏性的皮肤黏膜的疾病相鉴别诊断。常见的细菌性的皮肤的炎症主要表现为发病的部位出现明显的红肿，热痛等一系列的症状，有的时候可能会出现脓点脓苔，或者是脓疮。皮肤性的黏膜的念珠菌表现丘疹可能会有红肿，渗出。病毒性的皮肤黏膜疾病，主要包括一些容易起丘疹疱疹的疾病，比如说带状疱疹，风疹水痘这些疾病的话，病原学的检查能够检测出病毒或者是其他的感染性的指标。如果是念珠菌病感染的话，可能见到大量的真菌的菌丝或者成群的芽孢的存在。过敏性的皮肤粘膜的疾病，主要是出现血常规中嗜酸粒细胞增高会是阳性真菌感染或者是深部的真菌感染，这是皮肤念珠菌病病常见的一种现象。

有些念珠菌病常常出现在消化系统当中，这种疾病的话需要与单纯的消化系统疾病相鉴别，如果比如说食管炎，胃炎，肠炎，常常消化系统的念珠菌感染常伴有鹅口疮，而单纯的消化系统的疾病是没有这种现象的。

如果是呼吸系统的尿毒菌性感染，可能需要与其他的肺炎或者是结合性的肺炎相鉴别，如果出现脑膜炎的症状的话，可能会与结核性脑膜炎相近，这个的时候通过腰穿进行鉴别。

一般来说念珠菌肺炎比较少见，如果结合了其他的细菌感染，可能会出现高热。结核感染的话，她常常是低热，盗汗，胸闷，无力的症状比较常见。