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肺结核与肺真菌病分别来自于两种不同的致病病原体，在流行病学史、临床表现、以及辅助检查上存在着不同点。

肺真菌病大多数来自于重症患者或者有严重的基础疾病、接受免疫治疗的患者，常常在身体防御能力下降的时候，继发真菌性肺病，或者是其他抗菌治疗的一种并发症。尤其是目前肿瘤的化疗，抗生素的滥用，糖尿病，肝硬化等基础疾病，导致了真菌性肺病的高发率。肺结核是由结核分枝杆菌感染所引起的急性传染性疾病，首先应该有一定的患者接触史，通过呼吸道飞沫等途径被感染。

肺真菌病大多起病比较缓慢，或者在其他疾病治疗过程当中出现发热，咳嗽，痰液表现，大多为无色胶冻状或者带有血丝，肺部听诊可以发现有干湿性啰音，一般的抗生素治疗效果不理想，部分病人可能出现其他部位真菌感染的症状。肺结核也是以慢性疾病为主，大多以长期的午后低热，乏力，盗汗，消瘦，咳嗽，咳痰，咳血等为主要表现。临床表现并不是两者主要的鉴别点，通常缺乏一些特异性。

痰液标本进行病原体检查，是两者鉴别的金标准，也是最主要的检查项目。如果痰液当中发现有真菌菌丝，提示为真菌感染；如果痰液中发现有结核分枝杆菌，可以确诊为肺结核，同时胸部x光片或CT检查可以起到辅助的诊断价值。肺结核与肺真菌病可以同时存在。

诊断成立后，两者的治疗方案也是不相同的，肺真菌病需要进行抗真菌治疗，而肺结核需要进行积极的抗结核治疗。