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外斐氏反应是流行性斑疹伤寒主要的诊断依据，主要利用变形杆菌的某些菌株的菌体抗原代替立克次体抗原，以检测相应抗体的凝集反应。但是临床特异性比较差，不能与地方性斑疹伤寒进行鉴别，并且与一些疾病存在着交叉凝集，而出现假阳性，甚至复发型斑疹伤寒的外斐氏反应往往呈现阴性，应该做好相应的鉴别。

首先，应该与其他的立克次体感染进行鉴别，比如恙虫病，患者在恙螨叮咬处可以有淋巴结的肿大以及焦痂，变形杆菌ox凝集实验阳性。 Q热除了表现为发热、头痛等症状以外，可以出现间质性肺炎，此时外斐氏试验阴性。

其次是伤寒疾病，伤寒在每年的夏秋季节多见，通常起病比较缓慢，全身中毒症状比较轻，相对特征性的临床表现是玫瑰疹，相对缓脉，表情淡漠，但是肥达氏反应阳性，疾病的确诊有赖于血液或骨髓中培养出伤寒杆菌。

再次与回归热进行鉴别，回归热的发病季节和临床表现比较相似，临床表现中皮疹比较少见，但是发热间断数天以后，可以再次出现发热，对于患者的血液和骨髓涂片，可以发现有螺旋体。

另外需要与流血性出血热进行鉴别，流行性出血的具有明显的发病区域性，临床主要表现为发热，出血，休克，肾脏的损伤等，典型的病例可以有5期的临床经过，相应的血清检测抗体阳性可以确诊疾病。