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非梗阻性无精子症是因睾丸生精功能衰竭引起的无精子症。约占无精子症患者的50%左右。因为非梗阻无精子症患者多数只是睾丸的生殖功能障碍，生精细胞出现严重受损。因此多数患者的生殖道通畅，精液检查容积和ph数值一般处于正常范围内。

非梗阻无精子症患者，只是生精功能障碍，因此没有身体的不适和危害健康的临床表现。因为生精细胞缺乏，所以睾丸体积多数偏小伴有Fsh升高。部分患者因先天性因素造成，比如染色体核型异常或者y染色体微缺失。

对于非梗阻性无精子症患者的分类可以分为高促性腺性无精子症或者低促性腺激素性无精子症。对于高促性腺性无精子症中因为患者体积较小，部分患者睾酮降低或者处于睾酮的低值。因此容易出现胡须及阴毛发育异常，男人阳刚之气降低，同时因为缺乏睾酮的补充，性欲一般会比正常同龄男性降低。随着时间推移，更早的出现男性迟发性性腺功能减退综合征。

对于因内分泌失调引起的睾丸生精障碍，低促性腺激素性性腺功能减退表现为性激素腺轴缺乏，睾酮降低，造成性欲，性生活，肌肉储备，降低，多数合并无胡须，阴毛减少，阴茎发育异常，睾丸体积较小，多数患者经药物治疗后可以重新发育及阴毛生长。

较少见的泌乳素及甲状腺素升高也会反馈性引起非梗阻性无精子症。这类患者高泌乳血症表现为近期头疼头晕，及性欲降低。甲亢患者表现为近期情绪不稳定，容易激动。甲减表现为精神萎靡，无力，水肿等。