一般认为是胆囊或胆管系统感染发生病变，在胆囊或胆管内形成一种坚硬如石的物质，即“胆结石”。总的来说，有以下几个方面的因素。
一、与生活习惯有关。如爱静不爱动、肥胖症、妊娠后期的病人，因体力活动减少，腹壁松弛，内脏下垂，长期压迫胆管，使胆汁排泄不畅，胆囊肌张力减退，致胆汁逐渐淤积、浓缩、沉积而形成结石。据有关资料统计，体重超过正常标准15%以上者，患胆结石的可能性比正常人增加5倍。
二、与胆囊的慢性炎症有关。胆囊黏膜因受浓缩的胆汁或返流的胰液刺激而发生炎症，其坏死脱落的黏膜和细菌、病毒等构成一个核心，促使胆固醇、胆红素沉积，久之形成结石。
三、盲目节食减肥。不食早餐，喜食甜食、高脂肪类食物及长期服用某些药物，如安妥明、雌激素等，均可导致胆汁成分改变。胆汁易浓缩，胆固醇呈饱和状态，相互沉积而形成结石。英国医学家研究发现，90%以上的胆结石患者都有吃甜食的习惯。另有报道大量节食和不食早餐者，四个月内有1/3的人患结石。
四、与某些物理因素有关。作胃手术易损伤支配胆囊运动的神经，使胆囊功能降低，胆汁淤积，久之形成结石。
五、胆固醇的代谢失调。妊娠晚期或产后的妇女及高脂肪饮食或糖尿病患者，其血中胆固醇含量均增高，胆汁中胆固醇含量也增高。此时若胆汁淤积，胆盐减少，则极易形成结石。
六、有不良卫生习惯，感染肠道寄生虫者。进入胆道或胆囊内的蛔虫其死亡后的虫体或虫卵皆可形成结石。日本学者对手术取出的胆红素钙结石进行分析，发现55%的结石是以蛔虫卵为核心的。我国胆结石的成分中虫卵占20%~84%不等，高发地区占70%以上。
另外，居住地区、营养条件及工作环境、情绪性格都与结石形成有关。因此，要预防胆结石的产生，日常生活中就要养成良好的生活习惯，不偏食，不盲目节食，平时应多吃新鲜蔬菜及姜葱类食物，少食高脂肪及油腻类食物，以促使胆汁流畅，促进胆固醇代谢，减少胆结石的形成。
至今还未完全搞清胆结石形成的原因，故目前尚无十分可靠的方法可以确切地预防胆囊炎、胆结石的发生。但是，通过近几十年来对胆囊炎、胆结石形成机理的研究，人们已认识到饮食营养与胆囊炎、胆结石之间有着一定的关系，胆固醇结石与人们的过度营养有关，而胆色素结石又与食物中蛋白质的缺乏不无联系，胆色素结石的发生还和胆道蛔虫病有着密切的关系。基于这些认识，注意以下几方面的问题，对预防胆囊炎、胆结石的发生可能会有一定的作用。
(1)有规律的进食(一日三餐)是预防结石的最好方法。因为未进食时胆囊中充满了胆汁，胆囊粘膜吸收水分使胆汁变浓，此时胆固醇/卵磷脂大泡容易形成，胆汁的粘稠度亦增加，终于形成胆泥。如果进食，当食物进入十二指肠时反应性地分泌胆囊收缩激素，使胆囊收缩，这时大量粘稠的和含有胆泥的胆汁被排出到达肠道内，因此可以防止结石的形成。
(2)适度营养并适当限制饮食中脂肪和胆固醇的含量。胆固醇结石的形成和胆汁中含有较多量的胆固醇有关。吃得过多，特别是食物中有较多的脂肪和胆固醇，就会使胆汁中胆固醇的浓度增高，会促使胆固醇结石的形成。近年，我国人民的生活得到较大的改善，人们的饮食由以前的“温饱”型逐渐向吃好、吃精转变，鱼、肉、禽、蛋等食品的消耗量正在逐年增加。但是，随着生活水平的提高，带来了一些因吃得过好、过多而引起的“富贵病”，如肥胖症、冠心病和胆结石。要预防这些“富贵病”，就要注意营养适度，特别要注意不食用过多的胆固醇和动物脂肪。所谓适度的营养，就是要对人们的饮食的质和量都加以一定的限制，要求饮食的质量全面地提供各种比例合适的营养物质，而食物的量则以能维持人体正常的生命活动为度。
根据适度营养的原则，并参照我国人民目前的饮食习惯和消费水平，我国的营养学家提出了以下的每人每月较为合理的食物组成：谷类14kg，薯类3kg，豆类1kg，肉1.5kg，鱼0.5kg和水果1kg。当然，以上标准只是适用于从事一般活动的普通成年人。此外，参加适当的体力劳动和体育锻炼，对防止营养过度也有一定的帮助。
(3)保证摄入足够量的蛋白质。蛋白质是维持我们身体健康所必需的一种营养物质。据研究，蛋白质摄入量的长期不足，与胆色素结石的形成有关。因此，保证饮食中有足够的蛋白质，就会有助于预防胆色素结石的发生。事实上，随着我国经济的发展和人们生活水平的提高，人们膳食中蛋白质量已有明显增高，因此我国患胆色素结石的人数已有减少的倾向。但在我国有些地区，特别是农村，胆色素结石仍很常见。
(4)讲究卫生，防止肠道蛔虫的感染。养成良好的卫生习惯，饭前便后要洗手，生吃瓜果必须洗净，搞好环境卫生等，是预防蛔虫病的有效措施，因而对预防胆色素结石也很有帮助。
(5)积极治疗肠蛔虫症和胆道蛔虫症。发现肠蛔虫症后，应及时服用驱虫药，以免蛔虫钻入胆道，万一得了胆道蛔虫症，更应积极治疗，以防日久发生胆色素结石。
(6)保持胆囊的收缩功能，防止胆汁长期淤滞。对长期禁食使用静脉内营养的病人，应定期使用胆囊收缩药物，如胆囊收缩素等。
(7)积极治疗能引起胆囊结石的一些原发病。如溶血性贫血和肝硬变，因为这些病易诱发胆囊胆色素类结石。
(8)预防肝外胆管的损伤性狭窄。胆管狭窄可导致狭窄上方胆管内的胆汁停滞，形成胆色素结石。因此，在行上腹部手术时，尤其行胆囊切除或胃大部切除时应避免伤及肝外胆管。
(9)女性激素。有胆囊炎病史或爱吃高脂肪饮食的中年妇女，在采取避孕措施时最好不选用口服避孕药。更年期不滥用和长期服用雌性激素类药物。
(10)肥胖及运动。多参加体育活动及食用纤维素，通过排便，可“顺便”带走部分能量，起到减肥功效。
(11)情绪。一个人的胆汁分泌、胆囊的收缩和胆汁的排放，都由神经“司令部”(大脑)来指挥协调，再通过“传令官”(植物神经)传达“司令部”的命令，支配胆道系统工作。如果一个人长期精神紧张、抑郁，可使内脏“传令官”机能紊乱，无法传达命令，就可使胆汁流通不畅，胆囊内胆汁淤积，胆汁成分之间比例失调，促使结石生成。