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孕囊枯萎之后多久会自然流产出来，这是因人而异的，有的人在发现之前就已经排出来了，但是也有的人，枯萎后的孕囊会在子宫里面停留非常久的时间，而不自然排出来，也有的会因此而导致不规则的出血时间比较长，会有突然的出血量增多，发生不全流产发生出血量过多，甚至导致贫血的问题发生的可能。

检查到孕囊已经枯萎了，是不可以等待他自己流产出来的。因为已经枯萎的孕囊在母体内停留时间越长，也可能因此而造成母体的凝血功能障碍的，因为枯萎了的孕囊是有可能会转变为促凝物质而进入母亲体内，导致以后母亲的凝血功能障碍发生的，可能是有可能因此而发生大量出血的问题的。所以检查到孕囊已经枯萎了，是需要尽早的接受医学干预的，预防出血或者是因此而发生感染的问题。

具体的处理方法也不是每个人都会一样的，比如孕囊的体积比较小的情况，可以用药物来帮助孕囊排出来的，比如常规用的流产药物，米非司酮片加上米索前列醇片，一般来说效果都是比较好的。但是如果是枯萎的，孕囊的体积还是比较大的情况，还是会建议直接做尽早的清宫手术的，必要时如果考虑组织可能机化，也是会建议做宫腔镜的检查和清宫手术的。

在以后的备孕之前，是应该做相应的检查来帮助寻找原因，尽量避免再一次不良怀孕的发生的，比如要做各种病毒感染的检查，血栓前状态或者免疫功能检查等等。