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尿路感染的并发症很多，感染的位置不同，产生的并发症也同。其中最严重的并发症，就是全身性的炎症反应综合征，过去称之为脓毒败血症，最终可能导致患者死亡。

（1）尿道感染的并发症

尿道感染，顾名思义，感染的位置在尿道。比如常见的，淋菌性尿道炎，常常会导致尿道狭窄，从而逐渐会引起排尿困难。在后期的治疗中，必要的时还是考虑尿道狭窄的手术质治疗。

（2）膀胱部位感染的并发症

如果感染位置在膀胱，可能会导致原发性膀胱感染性结石的产生。由于膀胱粘膜充血，部分患者可出现明显的血尿。产生结石以后，会加重患者尿频、尿急、尿痛、尿血的临床症状。

（3）输尿管部位感染的并发症

感染可导致输尿管局部炎性狭窄，进而会导致局部扩张积水，从而引起肾积水，严重时导致急性肾盂肾炎以及尿毒症的发生。

（4）肾脏部位感染的并发症

肾盂肾炎、肾小球肾炎是常见的肾脏部位发生的感染，严重时可导致肾脓肿、肾周围炎、肾周脓肿，脓肿可向周围腹腔进行扩散，从而引起腹腔内感染，甚至导致全身性感染，即全身炎症反应综合征（SIRS），常常危及患者的生命。由于肾功能受损，患者可发生急性肾功能衰竭、肾局部组织坏死等危重病情。同时也可并发感染性肾结石，反应刺激肾盂内粘膜导致血尿。急性感染控制后，若结石未能排出，仍可导致疾病反复发作。长期停留在肾盂内的结石，可导致局部粘膜恶变，导致肿瘤的发生。